水口店と甲南店の両方に行ったので比較です。近隣の方の参考になれば幸いです。

【水口店】
・甲南店より広く、ゲーム機の台数も甲南店の2倍ほどあります。
・ボールプールを囲むアスレチックもこちらの方が大きいです。
・ボルダリング、大型トランポリンがあるのは水口店のみ。
・電動のイルカのブランコは故障中で手動になっています。他にもゲーム機のボタン等が故障してしまっているものがいくつかあります。
・乗り物コーナーに三輪車、馬があるのはこちらのみ。

【甲南店】
・水口店より狭いですが、おままごと、乳児向けおもちゃは甲南店の方が充実しています。水口店にはない絵本（冊数は少ないですが）やキーボードもあります。
・イルカのブランコも電動で動いています。
・いったん稼働するとなかなか止まらず降りれない宇宙の乗り物ですが、甲南店では電源オフにして強制的に止められるようになっています。
・水口店のある西友にはベビールームがないのですが、フレンドマートにはベビールームがあります。
・フレンドマートのゲームコーナーが隣接しているため、そちらに行きたがるリスクはあります。
・乗り物コーナーにスイングカー（プラズマカー）があるのはこちらのみ。

個人的には、乳児は甲南店、小学生くらいになると水口店がオススメかなと思います。